blastとblast+

研究室のクラスタマシンはblastで、自宅のMBPにはblast+が入っててメンドイ。blast+の方が高性能っぽいしクラスタの方にも入れたい。
とりあえず自分が使うときのblast+の方のblastnのコマンドメモ。

blastn -query query.fasta -db yeast.nt -out result.out -evalue 0.01 -outfmt "7 qseqid sseqid length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue qseq sseq"

• -queryで検索するファイル指定
• -dbで参照するデータベース指定
• -outで出力ファイル指定
• -evalueでevalueの上限指定（デフォルトは10。大きすぎない？）
• -outfmtは出力のフォーマット指定。0から9の数字で指定。ヘルプを見ると

0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = XML Blast output,
6 = tabular,
7 = tabular with comment lines,
8 = Text ASN.1,
9 = Binary ASN.1,
10 = Comma-separated values,
11 = BLAST archive format (ASN.1)

だそう。デフォルトは0。あとで処理することを考えると6か7のタブ区切りが便利？
6, 7, 10 は出力する情報を細かく設定できて、その時は

-outfmt "7 qseqid sseqid length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue qseq sseq"

みたいに書く。出力できる情報は以下。
（自分で使ったことあるのだけ日本語訳した）

引数	意味
qseqid	クエリの配列名
qgi	Query GI
qacc	Query accesion
qaccver	Query accesion.version
sseqid	検索対象の配列名
sallseqid	All subject Seq-id(s), separated by a ';'
sgi	Subject GI
sallgi	All subject GIs
sacc	Subject accession
saccver	Subject accession.version
sallacc	All subject accessions
qstart	クエリの中のアラインメントの開始位置
qend	クエリの中のアラインメントの終了位置
sstart	検索対象の配列のアライメントの開始位置
send	検索対象の配列のアラインメントの終了位置
qseq	クエリのアラインメント配列
sseq	検索対象のアラインメント配列
evalue	E-value
bitscore	Bit score
score	Raw score
length	アラインメントの長さ
pident	Percentage of identical matches
nident	Number of identical matches
mismatch	アラインメントのミスマッチ数
positive	Number of positive-scoring matches
gapopen	ギャップの開始位置の数
gaps	ギャップ数
ppos	マッチの割合％
frames	Query and subject frames separated by a '/'
qframe	Query frame
sframe	Subject frame
btop	Blast traceback operations (BTOP)

デフォルトは

qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

で、これを指定したかったら"std"と書けばOK。