bowtie - aaikmyz's diary

現時点(2012/05/07)で最新版は0.12.7。
http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/
0.12.8ってディレクトリは空。よくわからない。

Linuxのサーバに入れるのでbowtie-0.12.7-linux-x86_64.zipあたりをダウンロード＆解凍
↓
bowtie-0.12.7/ディレクトリにいればこの時点で

./bowtie INDEX名 リードのパス

とかで使えるけど、いちいち所定のディレクトリに行くのは使い勝手悪いので~/.bashrcに

export PATH=$HOME/bowtie-0.12.7:$PATH
export BOWTIE_INDEXES=$HOME/bowtie-0.12.7/indexes/

って書いとけばどこでも

bowtie INDEX名 リードのパス

で使える。BOWTIE_INDEXESの環境変数を指定しないとINDEXもパスを指定しないと見つからないよって言われる。