bamファイルからtophatの結果を取り出す

tophatによって生成されたbamファイルに対してsamtoolsのflagstatを使えばいろんな情報が出てくる。

$ samtools flagstat accepted_hit.bam

出力は以下のようになる。

4423480 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
0 + 0 duplicates
4423480 + 0 mapped (100.00%:nan%)
4423480 + 0 paired in sequencing
2295943 + 0 read1
2127537 + 0 read2
3592608 + 0 properly paired (81.22%:nan%)
3652162 + 0 with itself and mate mapped
771318 + 0 singletons (17.44%:nan%)
26412 + 0 with mate mapped to a different chr
1522 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

どうやってbamファイルからこの情報を取り出しているのかは以下を参照。
http://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAMTools#Simple_stats_using_SAMTools_flagstat